¡Qué pregunta tan interesante!
Ambas misiones tienen sus propios méritos y desafíos únicos. Sin embargo, a mi modo de ver estas cuestiones, los propósitos de Elon Musk y sus proyectos Space X son una peligrosa equivocación. Siempre hemos mirado al cielo nocturno y vimos la Luna desde siempre. Marte tardó muchos milenios hasta que alguien supo distinguir un punto rojizo del resto de los demás en eses inmenso espacio y más milenios en darle un nombre. 
La lógica y el instinto nos dicen que lo primero es «conseguir las facilidades» para viajar y estar en la Luna, con cierta comodidad y seguridad. Los primeros navegantes de la historia, no alcanzaban islas lejanas hasta que la más inmediata no era conocida y poblada. 
Musk solo quiere ser el primero en conseguir que una misión se pose en el suelo marciano. Y para él, ni es ciencia, ni es progreso. Es un reto por el reto; como en un juego.  Solo responde a su egolatría enfermiza. 


Desde siempre hemos mirado al cielo.

Volver a la Luna
Ventajas:
La Luna está mucho más cerca de la Tierra, lo que hace que las misiones sean más cortas y menos costosas. Además, ya tenemos experiencia con misiones lunares, lo que reduce algunos riesgos.
Objetivos:
Podríamos establecer una base lunar, lo que serviría como plataforma para futuras misiones a Marte y otros lugares. También podríamos explotar recursos lunares, como el hielo de agua, para obtener combustible y agua.

Ir a Marte
Ventajas:
Aunque a nivel popular nos cueste aceptarlo, a Marte se lo considera un planeta «parecido» a la Tierra. Posibilita el estudio de la exobiología, la vida y/o la falta de ella. El análisis de cuáles causas motivaron su extinción si alguna vez la tuvo. 
Marte ofrece recursos explotables y también hay quien habla de «terraformarlo» es decir; convertirlo en habitable. Una quimera muy lejana.

Desafíos:
Las misiones a Marte son mucho más largas y costosas. Además, los astronautas enfrentarían mayores riesgos debido a la distancia y las condiciones extremas del planeta. Personalmente, creo que volver a la Luna es un paso lógico y necesario antes de aventurarnos a Marte. Nos permitiría probar tecnologías y estrategias que serían cruciales para una misión exitosa a Marte.

Para vivir en la Luna o en Marte, necesitaríamos desarrollar y perfeccionar varias tecnologías clave, algunas de las cuales aún siquiera están sobre la mesa de los ingenieros. 

Para la Luna 

Hábitats: 
Estructuras inflables o módulos rígidos que puedan proteger a los astronautas de la radiación, las temperaturas extremas y los micrometeoritos. 

Sistemas de soporte vital:
Tecnologías para la regeneración de aire, agua y alimentos, así como para la gestión de residuos.
 
Rover lunar:
Vehículos para el transporte de astronautas y equipos en la superficie lunar.
 
Extracción de recursos:
 Métodos para extraer y utilizar recursos locales, como el hielo de agua para obtener agua potable y oxígeno. 

Para Marte

Hábitats avanzados:
Estructuras más robustas que puedan soportar las tormentas de polvo y las temperaturas extremas de Marte 

Sistemas de soporte vital mejorados:
Tecnologías para la producción de oxígeno a partir del dióxido de carbono en la atmósfera marciana y la generación de agua a partir del hielo subterráneo 

Propulsión avanzada:
Sistemas de propulsión eficientes para reducir el tiempo de viaje entre la Tierra y Marte 

Protección contra la radiación:
Escudos y materiales avanzados para proteger a los astronautas de la radiación cósmica y solar. 

Ambos destinos requieren tecnologías similares en algunos aspectos, pero las condiciones específicas de cada lugar dictan ciertas diferencias en las necesidades tecnológicas. Marte necesita tecnologías que aún no han sido diseñadas.
No puedo apartar de mi mente la impresión de que Musk, después de una inmensa inversión y muy probablemente el sacrificio de algún astronauta, probablemente llegará a Marte. Pero... ¿y luego qué?
Mi opinión final (y por supuesto no soy original en esto, ya que somos muchos opinando igual) es que Elon Musk, a pesar de sus empresas y su dinero, es un estorbo y una distracción. La ciencia astronáutica quiere poner su foco en nuestro satélite como prioridad e incluso con alguna forma de habitabilidad y también otro foco puesto en nuestra estrella y conocerla cuanto más mejor, gracias a las sondas robóticas que enviamos a sus proximidades.